Высшим органом управления Профсоюза «Алматы Су» является Конференция.
Конференция созывается по мере необходимости, но не реже одного раза в пять лет. Внеочередная Конференция созывается Председателем Профсоюза «Алматы Су» или по требованию не менее двух трети численности членов Профсоюза «Алматы Су».

Конференция считается правомочной, если на ней присутствуют более половины (двух трети) делегатов избранных на собраниях первичных профсоюзных организаций Профсоюза «Алматы Су».

Норма представительства и порядок выбора делегатов на Конференцию устанавливаются Советом Профсоюза «Алматы Су», делегаты на Конференцию избираются на собраниях  первичных профсоюзных организаций Профсоюза «Алматы Су» большинством голосов членов, присутствующих на собрании (конференции).
Решения на Конференции Профсоюза «Алматы Су» принимаются большинством голосов присутствующих.

К компетенции Конференции Профсоюза «Алматы Су» относится решение следующих вопросов:

• утверждение Устава Профсоюза «Алматы Су», внесение изменений и дополнений в него;
• определение приоритетных направлений деятельности Профсоюза «Алматы Су», принципов формирования и использования его имущества;
• образование исполнительных органов Профсоюза «Алматы Су» и досрочное прекращение их полномочий;
• утверждение общего положения о первичной профсоюзной организации Профсоюза «Алматы Су», внесения в него дополнений и изменений, утверждение Положения о Совете «Профсоюза «Алматы Су», Положения об Исполкоме Профсоюза «Алматы Су», Положения о ревизионной комиссии (ревизоре), внесения в них дополнений и изменений;
• определение порядка приема в члены Профсоюза «Алматы Су» и исключения из Профсоюза «Алматы Су»;
• принятие решения о размере и порядке уплаты членских и иных имущественных взносов;
• заслушивание отчетов о деятельности Совета, Исполкома, ревизионной комиссии Профсоюза «Алматы Су»;
• рассмотрение и принятие решения по любым вопросам деятельности Профсоюза «Алматы Су».

Председатель, заместители председателя, председатель ревизионной комиссии Профсоюза «Алматы Су» являются делегатами Конференции по должности.
В работе Конференции имеют право участвовать не избранные делегатами члены Совета и ревизионной комиссии Профсоюза «Алматы Су» с правом совещательного голоса (без права участия в голосовании).

Решение по вопросам исключительной компетенции Конференции Профсоюза «Алматы Су» принимается единогласно или квалифицированным большинством голосов (не менее 51 процента) присутствующих на Конференции Профсоюза